但是这还不算完－－还有第三波攻击。９点５８分，在距离匹兹堡３５英里的伟思莫兰县，紧急事态中心接到了一个从移动电话发出的呼救。电话里的男子近乎疯狂，他自称被锁在了美联航９３号航班的卫生间里。负责调度的主管格兰·克雷默（Glenn Cramer）回忆说，当时那个男子狂乱的不停重复："我们被劫机了！我们被劫机了！". 他还说这不是开玩笑，飞机＂正在下坠＂。克雷默说道："他听到了爆炸声，看到了飞机上冒出白烟。然后我们就和这名男子失去了联系。"
这架飞往旧金山的飞机于8:01从新泽西州的纽瓦克机场起飞。但刚刚飞过俄亥俄州克利夫兰南郊，飞机便突然左转，出人意料地猛折回宾夕法尼亚州。当这架波音757载着它的38名乘客和7名机组成员呼啸而过匹兹堡时，空中管制疯狂地通过无线电呼叫机组人员。但没有回答。
在这架飞机新航线的40英里以外，索默塞县农郊的一个废车场中，40岁的特里·巴特勒正如往常一样工作。他正准备从一辆1992年的“道奇商队”面包车上拆下散热器。他刚刚从新闻中看到所有飞机都被要求迫降，而抬起头看到93航班划破晨雾呼啸而过时，他不禁惊呆了。他回忆说“这架飞机飞行得样子让人难以置信。”
这架飞机浪荡地掠过森林、牧场和玉米地，以及凯莉·列弗耐特的家。列弗耐特也在看新闻。他的丈夫在国民警卫队第167空运联队工作，刚刚从西弗吉尼亚州马丁斯堡市的驻地打电话来告诉她一切正常、让她放心。飞机就在这时从她头顶掠过“飞机朝着学校方向飞过去”她说到。而她的三个孩子都在那里上学。
如果93航班在空中再多飞行几秒钟，就会直接犁过杉克斯威尔－石溪学校（Shanksville-Stonycreek）和学校里501名从学前班到高三（12年级）的学生了。而这架飞机最终于10:06坠毁在一个重新启用的旧煤矿上。飞机残骸最大的也不超过一本电话号码簿。学校小学部的校长玛丽·蒂普顿说“我一直再后怕－－只差2英里。但感谢上帝，就差了这两英里。”
CIA局长特立听到消息时正与他的师友－－前参议员戴维·博伦在瑞吉酒店（St. Regis Hotel）惬意地吃早饭。当煎蛋卷上桌时，特立的手机传来了一个国安详情通报。“立刻给我做一下简述”特立镇定地对着电话说到。他听了一会儿，然后对博伦说“世贸中心遭撞机了。我们基本可以确认不是意外，而是恐怖活动。”他接着继续通话，点了十几个人的名字，让他们赶到CIA的战况室。“15分钟内到齐”他说“我也会同时赶到。”
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